Описание:

Приборы серии «Palm PCR» работают по полностью валидированным протоколам, включающим экспресс-амплификацию с высокой чувствительностью. В каждом протоколе выбор скорости ПЦР зависит от длины ДНК-матрицы, что прописано в прошивке приборов. Ниже описаны примеры протоколов термоциклеров серии «Palm PCR».

 

Экспресс-амплификация

Пример 1: амплификация на скорости F1

В данном примере показаны результаты амплификации β-глобина длиной 510 п.о. из ДНК генома человека на скорости F1. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 нг (соответствует 3000 копий). В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме F1 – 1 цикл ПЦР в минуту, соответственно, на 30 циклов требуется 30 минут.

ПЦР достигает уровня насыщения за 30 минут (30 циклов), в течение этого периода не происходит уменьшения скорости и эффективности ПЦР.

Пример 2: амплификация на скорости T2

В данном примере показаны результаты амплификации α-тубулина длиной 249 п.о. из ДНК генома человека на максимальной скорости T2. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 нг (соответствует 3000 копий). В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме T2 – 1 цикл ПЦР за 36 секунд, соответственно, на 30 циклов требуется 18 минут.

Амплификация в режиме T2 происходит в кратчайшие сроки с высокой точностью и надёжностью. Интенсивность амплификации начинает снижаться только через 15 минут (25 циклов), ПЦР достигает уровня насыщения через 18 минут (30 циклов).

 

Высочайшая чувствительность

Пример 1: амплификация на скорости F3

В данном примере показаны результаты амплификации GAPDH длиной 469 п.о. из ДНК генома человека на скорости F3. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 нг – 0,03 нг (3000 копий – 10 копий). В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме F3 – 1 цикл ПЦР за 48 секунд, соответственно, на 30 циклов требуется 24 минуты.

После 30 циклов на скорости F3 ПЦР достигает уровня насыщения на всём диапазоне концентрации ДНК-матрицы.

Пример 2: амплификация на скорости T2

В данном примере показаны результаты амплификации β-глобина длиной 200 п.о. из ДНК генома человека на максимальной скорости T2. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 нг – 0,03 нг (3000 копий – 10 копий). В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме T2 – 1 цикл ПЦР за 36 секунд, соответственно, на 30 циклов требуется 18 минут.

После 30 циклов на скорости T2 ПЦР успешно завершается для всего диапазона концентраций ДНК, наблюдаются чёткие полосы на геле, соответствующие полученным ампликонам. Этот пример показывает, что приборы серии «Palm PCR» обеспечивают быструю и амплификацию с высокой чувствительностью при количестве исходных ДНК-матриц менее 10.

 

Единообразие результатов, полученных в разных пробирках

Пример 1: амплификация на скорости F3

В данном примере показаны результаты амплификации β-глобина длиной 510 п.о. из ДНК генома человека на скорости F3. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 нг (что соответствует 3000 копий). В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме F3 – 1 цикл ПЦР за 48 секунд, соответственно, на 30 циклов требуется 24 минуты.

В результате 30 циклов ПЦР на скорости F3 наблюдаются чёткие полосы на геле, соответствующие полученным ампликонам, они одинаковы для всех 12 пробирок. Этот пример показывает высокую степень унификации условий для всех лунок термоциклеров серии «Palm PCR», в том числе – унификацию температурных условий (разброс менее 0,1°С).

 

Широкий диапазон размеров ДНК-матриц, с которыми могут работать приборы серии «Palm PCR»

Пример 1: амплификация на скорости F1

Этот пример показывает диапазон размеров ДНК-матриц (204 п.о. – 1563 п.о.), амплифицированных на скорости F1, это были плазмидные матрицы. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 пг. В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме F1 – 1 цикл ПЦР в минуту, соответственно, на 30 циклов требуется 30 минут.

В результате 30 циклов ПЦР на скорости F1 наблюдаются чёткие полосы на геле, соответствующие полученным ампликонам вплоть до длины матрицы в 1 т.п.о., при большей длине полосы на геле становятся менее выраженными. Несмотря на высокую скорость амплификации (30 минут), термоциклеры серии «Palm PCR» обеспечивают эффективную ПЦР для достаточно широкого диапазона длин ДНК-матриц.

Пример 2: амплификация на скорости S1

В этом примере показана амплификация широкого диапазона ДНК-матриц (204 п.о. – 2062 п.о.) на самой медленной скорости – S1, это были плазмидные матрицы. Объём реакционной смеси составлял 20 мкл, а количество матрицы ДНК для ПЦР – 10 пг. В качестве фермента использовалась ДНК-полимераза для быстрой ПЦР PalmTaq High-Speed (каталожные номера RK1010 и RK1020). Скорость амплификации в режиме S1 – 1 цикл ПЦР за 1,3 минуты, соответственно, на 30 циклов требуется 39 минут.  

В результате 30 циклов ПЦР на скорости S1 наблюдаются чёткие полосы на геле, соответствующие полученным ампликонам вплоть до длины матрицы в 2 т.п.о. Несмотря на высокую скорость амплификации (39 минут), термоциклеры серии «Palm PCR» обеспечивают эффективную ПЦР для широкого диапазона длин ДНК-матриц, достаточного для большинства задач ПЦР-исследований.